Le legs fait à la postérité par le XVIe siècle est capital : confession protestante, réalisations artistiques et corpus d’idées et de théories politiques à l’étonnante vigueur. Le royaume connaît jusqu’aux années 1560 un climat de paix intérieure et de prospérité dans lequel s’épanouit la Renaissance. Cette période où fleurissent les arts et les lettres est pourtant aussi un temps d’angoisse, de doutes, d’interrogations sur le jugement dernier, le salut de l’âme.
Elle voit l’éclatement des troubles religieux, après l’échec du roi pour éviter la guerre civile et le triomphe de l’intransigeance religieuse des hommes de dieu, bientôt mués en « fous de dieu ». Le royaume traverse alors quarante années de tensions et de troubles civils, huit guerres, et affronte des massacres, le plus terrible –la Saint-Barthélemy– étant perpétré à Paris en août 1572. Le conflit atteint son apogée de 1584 à 1594 avant qu’Henri de Navarre ne devienne un « roi de raison » accepté par l’écrasante majorité des Français. La soumission du dernier grand noble ligueur, le duc de Mercoeur, la publication de l’édit de Nantes et la signature de la paix de Vervins ferment au printemps 1598 un siècle de fer.